研究生系统研工管理子系统于2010年上线，毕业生还款功能由于数据的延续性和完整性在国家助学贷款模块试运行时推迟上线。2010年入校申请了国家助学贷款的研究生大多数将于2013年毕业，经历了3年的数据积淀后，国家助学贷款还款功能上线试运行的时机已经成熟。从2012年底开始，在经过了调研、参考本科生助学贷款流程、小范围测试以及研工部针对贷款毕业生的宣讲会后，研工管理子系统贷款模块毕业生还款功能于2013年4月15日正式上线。
研工毕业生还款模块在吸取了本科生还款经验的基础上，增加了对于升学、延期毕业、支教和参军等需要延迟还款的毕业生的管理。在学生端，需要办理还款的毕业生可以根据自己的实际情况选择一次性结清、展期或者填写还款协议,并提交至研工部审核；在管理端，研工部用户可以进行还款情况的审核、查询以及相关报表的导出，系统还人性化地为研工部管理用户提供当季需要还款的学生名单，方便管理员提醒学生完成相关工作。目前已有超过300名（占需还款人数90%）毕业生在研工系统毕业生还款模块完成了毕业还款确认。